Lietuvos universitetai aktyviai dalyvauja Europos universitetų iniciatyvoje, kuri siekia kurti integruotą Europos aukštojo mokslo ir mokslinių tyrimų erdvę. Narystė Europos universitetų aljansuose stiprina tarptautinį bendradarbiavimą, akademinį mobilumą ir bendrų studijų bei tyrimų plėtrą.

Vilniaus universitetas yra Arqus Europos universitetų aljanso narys.

Kauno technologijos universitetas dalyvauja ECIU University iniciatyvoje, kuri vykdoma Europos inovatyvių universitetų konsorciumo (ECIU) pagrindu.

Klaipėdos universitetas yra EU-CONEXUS Europos universitetų aljanso narys.

Vilniaus Gedimino technikos universitetas yra ATHENA Europos universitetų aljanso narys.

Vytauto Didžiojo universitetas yra Transform4Europe (T4E) Europos universitetų aljanso narys.